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虽然董卓提出的迁都之议没有得到朝廷大部分人的认同，但是迁都的决策还是确定了下来。
二月十七日，皇帝刘协及一帮朝廷官员前往长安，至三月五日（前后历时十八天），抵达长安。
在这次迁都行动中，还有大量兰台（兰台为东汉政府皇家图书馆。）书籍转移至长安，途中因为大雨的缘故，道路泥泞难行，有一半的书籍被抛弃焚烧，这是非常可惜的事。司徒王允整理剩余的书籍，分门别类，儒家经典书籍的传承，王允是有功劳的。
当时董卓留在雒阳，屯兵于毕圭苑以防御反董联军，而长安朝廷的内外事务都交给王允来处理，王允顺从董卓，董卓也对王允推心置腹，对他没有隔阂和怀疑。（王允后来背叛董卓应该是看到董卓背弃了门生故吏制度、滥杀无辜之后。）
《太平御览·卷619》引《风俗通》：董卓荡覆王室，天子西移，所载书七十车，遇雨道难，分半投弃，即于处烧燔，麋为灰秽。
范书《王允传》：及董卓迁都关中，（王）允悉收敛兰台、石室图书秘纬要者以从。既至长安，皆分别条上。又集汉朝旧事所当施用者，一皆奏之。经籍具存，允有力焉。时董卓尚留雒阳，朝政大小，悉委之于允。允矫情屈意，每相承附，卓亦推心，不生乖疑，故得扶持王室于危乱之中，臣主内外，莫不倚恃焉。
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盖勋与董卓都是凉州人，且盖氏是凉州世家，颇有名望，所以董卓忌惮盖勋。盖勋唯一得罪董卓的事也就是写信骂他，但结果是董卓终究还是没拿盖勋报复出气，反而是处处让着盖勋。
在开战前的一次军事会议上，河南尹朱儁向董卓汇报了关东联军的军情，顺便表达了一下自己对军事形势的见解，董卓可能是对朱儁当初拒绝做自己副手而有余怒，借题发挥，痛骂朱儁：“论打战老子懂的比你多，我还需要你教？信不信老子砍了你？！”
董卓发飙时，在场的人噤若寒蝉，朱儁自然也不敢回嘴。此时，盖勋则站出来驳斥董卓，董卓十分给盖勋面子，于是给自己一个台阶下：“我是开玩笑的啦！”
盖勋竟然还不依不饶，说：“我还没听说过拿杀人当开玩笑的事！”
董卓没办法，才正式向朱儁道歉。
范书《盖勋传》：时河南尹朱儁为（董）卓陈军事。卓折儁曰：“我百战百胜，决之于心，卿勿妄说，且污我刀。”（盖）勋曰：“昔武丁（子昭）之明，犹求箴谏，况如卿者，而欲杜人之口乎？”卓曰：“戏之耳。”勋曰：“不闻怒言可以为戏？”卓乃谢儁。
（史书上有很多人敢去弄老虎的尾巴（如前文的卢植），面对屠刀时他们手无寸铁，他们也不知道自己是否有“主角光环”，很可能会因此丧命，我们不能因为他们最终活下来而觉得他们当初是为了名望而去冒险，在面对强权高压时的刚正不屈，才能证明他们是真的勇士！这就是我所希望展现在书友面前们的祖先！）
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到了三月，董卓得知袁绥接管广陵郡之事，借题发挥，以袁隗通敌，将其灭族。当然袁绍、袁术也是袁隗之死的主要原因之一。
袁氏宗族共被捕杀二十余人，分别埋葬在长安青城门外与东都门内，后来又担心有人会盗走尸体，再将这些尸体转移至郿县藏起来。
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